Fu l'antica Chiesa Parrocchiale, la cui costruzione avvenne certamente in data anteriore al 1496.(1)

Intorno al 1550 l'edificio era diventato ormai "indecente". Inoltre, essendosi lo sviluppo del paese verificato in altra direzione, la Chiesa si era venuta a trovare troppo distante dall'abitato e quindi scomoda per l'amministrazione dei Sacramenti. Per tali motivi, e soprattutto perché si trovava fuori delle mura e quindi esposta agli attacchi dei pirati,(2) l'Arcivescovo di Cagliari Novella, in occasione della sua Visita Pastorale del 1583, disponeva che la Chiesa di S. Anastasia fosse utilizzata come cimitero, concedendo al Rettore Antonio Pio dì designare come nuova Chiesa Parrocchiale quella di S. Giovanni Battista che era più sicura, poiché si trovava entro le mura e al centro dell'abitato, e anche abbastanza idonea, essendo anche la più grande tra le Chiese esistenti.

Indubbiamente gli orrori vissuti dagli abitanti di Siniscola nella incursione barbaresca della notte di Ognissanti del 1514 e, ancor più, in quella più terrificante del 1581, furono sufficienti a convincere l'Arcivescovo a fare detta concessione.

Il trasferimento della Parrocchia fu confermato dai suoi successori, Del Vall, Lasso Cedeño e Desquivel che, in Visita Pastorale a Siniscola rispettivamente nel 1598, 1601 e 1620, visitarono come Chiesa Parrocchiale quella di S. Giovanni Battista.(3)

Detto trasferimento venne formalizzato nel 1622 dall'Arc. Desquivel poiché nella chiesa di S. Giovanni, essendo Rettore Salvatore Pau, erano stati operati lavori di restauro e di ampliamento.

L'anno successivo Mons. Sebastiano Carta, Vicario Generale di Cagliari, visitando la Chiesa Parrocchiale di S. Giovanni Battista, ribadì che la chiesa di S. Anastasia non era più la Chiesa Parrocchiale perché si trovava "fuori della muralla e nei pressi del paese", cioè fuori del paese, e perché non era "né capace né comoda".(4)

Da allora l'antica parrocchiale di S. Anastasia verrà utilizzata soltanto come luogo per la sepoltura, all'esterno per i poveri e all'interno, come prescritto dai Sinodi, per i Sacerdoti.

Infatti già l'8 dicembre 1599, nel testamento di Pasca Sedda, si parla di "cimiteriu de Santa Anastasia Parroquia de dita Villa de Siniscola", benché nel 1600 la Chiesa esista ancora come struttura, come è dimostrato dal fatto che Giovanni Desogos viene sepolto "dentro S. Anastasia, Parroquia de Siniscole" (LD 26.04.1600).

Nel 1602, pur essendo "Parrocchia antica", come è chiamata spesso nei QL, serve quasi esclusivamente, sia all'interno che all'esterno, per il seppellimento dei defunti. Vi erano tuttavia ancora dei priori, che vi facevano la festa annuale della Santa e provvedevano alla manutenzione e ad eventuali restauri della Chiesa: nel 1601 erano Joanne Cambone, Joanne De Jana e Beneit Rujo, mentre nell'anno precedente erano stati Joan Contu, Bonicu Murru e Domingu Quessa.(5)

Nella Chiesa vi era una cappella dedicata a "S. Maria de su Niatu" come risulta dal testamento di Pedro Corrias (LD 8.11.1606) che le aveva lasciato quattro soldi. Essa era ancora esistente il 4 marzo 1759, come appare nel testamento di Vincenzo Corrias (LD).

La Chiesa resterà ancora aperta al culto fino al 25 aprile 1656 poiché Giovanni Palio, in tale data, lasciò "seis dinarìs" ai tre altari che vi si trovavano: quello maggiore, un secondo nella cappella di S. Maria della Neve, come detto sopra, e quello che si trovava nella cappella detta del Rosario o della Confraternita del Rosario.

Infatti Melchior Corrias, padre del Ven. Jo. Leonardo,(6) destinava metà del suo podere di "Giramonte" a beneficio de la Capilla de la Confradia del SS. Rosario, la qual esta fundata en la Iglesia de S. Anastasia" (LD 15.11.1675); in un testamento del 5 luglio 1676 si parla di "Iglesia de S. Anastasia del Rosario" nella quale vi erano due altari; il 4 marzo dello stesso anno Caderina Sanna veniva sepolta "dentro de S. Anastasia, en la nave [= navata] de la capilla del Rosario" (LD 29.10.1679) e nell'anno successivo Damian Contu venne "enterra (lo dentro de la Iglesia de S. Anastasia a la parte de la capilla del Rosario" (LD 21. 1.04.1680). L'esistenza di detta Cappella, chiamata talvolta chiesa (LD 15.09.1738, 4.03.1747, 4.02.1755, 9.11.1758), è documentata fino al 1765 perché il 20 gennaio di tale anno il V.le Giov. Matteo Loi venne sepolto "en, la capilla de la Vn SS.ma del Rosario". Successivamente non si parlerà più di cappella ma di “Oratorio del Rosario" (LD 27.02.1807) o di "Iglesia de Vn Del Rosario (LD 31.05.1808) e dal 24 ottobre 1809 (LD) di "Iglesia del Oratorio del SS. Rosario".

Il Rettore Simone Ventura, nella sua nota del 1738, mentre parla di tutte le Chiese e di tutti gli altari di Siniscola, non fa cenno alcuno di questa Chiesa.(7)

Negli anni 1773‑74 anche l'interno verrà adibito a cimitero comune, senza più alcuna distinzione, essendo la Chiesa ormai ridotta ad un campo completamente aperto per cui hanno libero acceso persino gli animali. Dell'edificio se ne salverà appena un angolo che servirà come ossario.(8)

Nel 1803 Il Rettore Salis, anziché di angolo, parla di una cappella destinata a collocarvi le ossa esumate dei defunti, mentre le pareti e il tetto minacciavano di crollare. Il tetto era persino in gran parte scoperto a causa della nuova costruzione attigua, quella cioè dell'Oratorio del SS. Rosario. Era intenzione del detto Rettore di restaurare la Chiesa, separandola dall'Oratorio. Tale desiderio, non sappiamo quando, sarà in parte realizzato se, come attestano nel 1844 i subdelegati dell'Amministratore Apostolico Varesini, pur trovandola mancante del tetto, nel complesso la definiscono decente.(9)

Nel 1835 le Nobili Donne Grazia e Raimonda Carta avevano protestato contro l'uso dello spazio esistente dietro la Chiesa come cimitero adducendo motivi di igiene pubblica.(10)

Il 17 settembre 1845 l'autorità ecclesiastica diocesana autorizzò il priore Francesco Corrias ad operarvi delle riparazioni senza però specificarne la natura e la portata.(11)

Malgrado ciò, la Chiesa potrà soltanto continuare ad essere "il cimitero” fino al 20 giugno 1869, giorno in cui vi fu sepolta per ultima Todde M. Domenica, mentre l'ultimo Sacerdote ad esservi sepolto era stato il curato Turoni Efisio, il 5 luglio 1833.(12)

La Chiesa scomparve poi definitivamente, sostituita da quella del Rosario, come si dirà appresso.