Prima che si iniziasse a costruire la Chiesa, S. Elena, madre dell'Imperatore Costantino, era già venerata a Siniscola. Infatti nel 1738, nella Chiesa di S. Simplicio, c'era un altare a lei dedicato e per la cui festa si faceva una questua apposita. (1)

Secondo il Casalis (2) e l'Angius, citato dal Panedda, (3) la Chiesa fu riedificata nel 1796. Il Casalis annota che essa si trova sopra una collina, a "Cuccuru de janas", nello stesso sito ove sorgeva la Chiesa dei Santi Sisto e Andrea.

Il periodo della costruzione è indirettamente confermato dal Rettore Ventura e dal Curato Pilurcy.

Questi, l'uno nel 1738 e l'altro nel 1777, parlano soltanto di una Chiesa intitolata ai Santi Sisto e Andrea, distante dall'abitato mezz'ora di strada. Quindi la Chiesa di S. Elena non esisteva ancora. (4)

Poiché il Rettore Salis, zio dei Sacerdoti Puxeddu, nel 1803 fa riferimento alla Chiesa rurale di S. Elena, la costruzione è da collocarsi tra gli anni 1777 e 1803. (5)

Nei QL non risulta chi abbia contribuito alla ricostruzione della Chiesa con la nuova "invocazione" (denominazione) di S. Elena. Mentre i Puxeddu rivendicavano la costruzione della Chiesa come opera esclusiva della loro famiglia, a detta del Rettore Carboni, essa "fu riattata con oblazioni ed aiuto di tutta la popolazione". (6) E’ certo che i Puxeddu ne curarono le periodiche, necessarie riparazioni e promossero sempre la celebrazione della festa della Santa, con i pranzi a maggio e ad agosto. Molti Puxeddu inoltre trovarono sepoltura in questa Chiesa: oltre i fratelli sacerdoti Emanuele e Costantino Puxeddu (9.02.1834 e 23.03.1837), nel 1819 vi fu sepolto il Not. Giovanni Puxeddu, marito della "honesta" Giovanna Grazia Salis, sorella del R.re Salis, e padre dei Sacerdoti Emanuele, Costantino e Stanislao (LD 31.10.1819) e il 29 novembre 1834 il Nobile Uomo Don Giuseppe Melis Puxeddu di Mamoiada di sette anni. Il 15 dicembre 1845 Donna M. Antonia Farris ottenne dal Vescovo Varesini di potervi trasferire la salma del marito Matteo Puxeddu morto nell'anno precedente. (7) Anche una donna della famiglia Puxeddu, Dona Grazia, moglie del Not. Stanislao Turoni, Amministratore Generale del Duca di Sottomajor, Barone di Posada, ricordato dal Lamarmora, venne sepolta nella stessa Chiesa con uno speciale permesso del Vicario Zunnui concesso il 7 dicembre 1856. (8) Fino al 1955 una lapide, ridotta in quattro pezzi, ricordava la figura di Dofia Grazia. (9)

La famiglia Puxeddu ha esercitato sulla Chiesa sia il diritto di patronato che quello di sepoltura. Verrebbe da pensare che essa godesse di tali diritti anche giuridicamente.

C'è stata, tuttavia, una controversia tra il Rettore Carboni e il Sac. Stanislao Puxeddu. La famiglia di questo ultimo, nel 1863, dichiarava di godere del patronato sulla Chiesetta per averla riedificata e dotata a proprie spese, per cui il Sac. Puxeddu pensava di chiedere un rescritto dalla S. Sede che autorizzasse l'ufficiatura della Chiesa in maniera autonoma dalla parrocchia di Siniscola. (10) Ma precedentemente, in una lettera del 24 ottobre 1860 al Vicario Capitolare, il Rettore Carboni negava l'esistenza dello "ius patronatus" e non accettava che la Chiesa venisse resa autonoma. Secondo il Carboni, il Notaio Puxeddu, con le offerte e l'aiuto di tutta la popolazione, rìedificò la chiesa di S. Sisto, già parrocchia d'una piccola popolazione ivi esistente anticamente, e, profittando della 'Iolleranza e non curanza" delle autorità ecclesiastiche locali, ne cambiò il titolo. La famiglia Puxeddu, inoltre, avrebbe intenzionalmente acquistato i terreni circostanti per inglobare entro le sue proprietà anche la Chiesa. (11)

Nel 1803 la Chiesa era tenuta bene poiché in una casa contigua, con la propria famiglia, vi dimorava Salvatore Dore di Oschiri che vi esercitava la funzione di "Romito" (custode) e ne curava la manutenzione ordinaria, benché nessuno gli avesse dato ufficialmente tale incarico. (12)

Intorno al 1910 la Chiesa, dopo essere stata riedificata per iniziativa del Cav. Giovanni Puxeddu, attendeva di essere benedetta e riaperta al culto. Vi furono sistemate anche cinque campane, benedette e consacrate da Mons. Luca Canepa durante la Visita pastorale del 7‑9 maggio 1910. (13)

Detta riedificazione era stata autorizzata da Mons. Demartis che il 28 maggio 1894 aveva delegato il Rettore Angius a benedime la prima pietra. (14)

Recentemente, nel 1985, la Chiesa è stata restaurata da un gruppo di volenterosi fedeli, incoraggiati e sostenuti dal Parroco D. Ciriaco Vedele e ribenedetta da Mons. Giovanni Melis, Vescovo di Nuoro, il 18 agosto dello stesso anno.

Sono di particolare importanza per la storia di questa Chiesa le lapidi e le scritte varie che vi si trovano. (15)