Questa Chiesa non esisteva nel 1602. Non è ricordata infatti nella Relazione del Can. Antonio Sanna che risale a tale anno.

La prima esplicita menzione di essa si trova nel testamento di Angelica Satta del 26 febbraio 1643, mentre dai testamenti di Juanna Maria Ruyu Chessa e di Juanna Evangelista Pugione, rispettivamente del 28 novembre 1676 e del 10 marzo 1677, si apprende che si trovava nel vicinato della V.ne delle Grazie, alla periferia del paese.

La costruzione della Chiesa, iniziata quasi certamente prima dei 1640, fu portata a termine intorno al 1670, ad opera del Not. Giovanni Stefano Porcu, come è attestato nelle risposte ai questionari del 1777 e 1803.

Nel testamento di Giovanni Palio del 25 aprile 1656 si parla già di altari esistenti nella Chiesa di "Nostra Sennora de Gracia" senza indicarne il numero. Nel 1803 erano tre, dei quali solo quello maggiore aveva l'ara, cioè la mensa per potervi celebrare la Messa.(1) Uno di essi, situato in una cappella, dedicato alla SS. Trinità, che si trovava "a la parte del evangelio" (LD 18.10.1681), venne poi demolito per fare luogo alla via Sassari, mentre dell'altro, situato nello spazio ove oggi si usa collocare la statua della Vergine delle Grazie, non conosciamo la primitiva dedicazione.

Il Rettore Ventura, (2) che ignorava chi l'avesse eretta, dice che gli eredi Carta e Paola Loy rivendicavano il diritto di patronato. Giovanni Loy aveva donato 50 scudi per la "fabbrica" della Chiesa delle Grazie e, aveva voluto esservi sepolto nella cappella maggiore (LD 16.02.1702). Forse in quel periodo ci furono lavori straordinari di manutenzione. (3)

Nel 1764 la famiglia dei Nobili Farris aveva ottenuto da Mons. Delbechi i diritti di Patronato e di Sepoltura nella Chiesa. Mons. Serra Urru il 17 maggio del 1782 rinnovò tale concessione a favore dei compatroni Cav. Don Francesco Antonio Farris e fratelli, Don Giov. Battista Carta Nieddu, Don Paolo Carta e le sorelle Doña Lucia e Doña Giovanna. (4)

Perciò molti Carta e Farris furono sepolti in questa Chiesa: Giovanna Agostina Carta (18.09.1712), Paula Maria Carta Pisquedda (6.07.1723), Don Antonio Carta (23.02.1753), Giov. Evangelista Carta (10.10.1757), Dona Lucia Carta Farris (23.06.1758) Farris Carta Giov. Batt. Ilario Andrea (17.08.1766).

Probabilmente però anche i Pugione vi avevano il diritto di sepoltura. Infatti vi furono sepolte diverse persone con questo cognome: oltre la suddetta Juanna Evangelista Pugione (10.03.1677), anche Maria Manca Pugione (18.10.168 1), Giovanni Loi, marito di Paola Maria Ruyu Pugione (17.02.1702), Dona Giovanna Rosa Pinna Manca Pugione (4.03.1708), Giovanna Evangelista Manca Pugìone sposata Carta (2.05.17 10).

Una nuova ristrutturazione o almeno una cospicua riparazione era ritenuta indifferibile, urgente e da farsi "cola maggior brevità" dai subdelegati di Mons. Varesini nella Visita Pastorale del 1844.

Essi infatti fecero osservare che vi erano da riparare le fondamenta, i muri e la volta e che inoltre aveva bisogno di "essere imbiancata in ogni sua parte". (5)

A causa di tale degrado, la Chiesa era stata interdetta, per cui, il 24 settembre dello stesso anno, le nobil donne Grazia Carta, M. Antonia Farris e Annica Nieddu chiesero ed ottennero di potervi fare il novenario e la festa nella data tradizionale, con la promessa che entro sei mesi si sarebbero eseguiti i lavori di restauro. (6)

Il 26 febbraio del 1858 il Vicario Capitolare, con l'assenso dei compatroni, concesse, per un certo periodo, la Chiesa per ospitarvi le scuole con la raccomandazione che vi si tenesse "quel contegno e decenza che richiede la santità del luogo". (7)

Altre ristrutturazioni, o almeno riparazioni, vennero fatte nel 1882. Ne parla il Parroco in una lettera al Vescovo in data 3 novembre 1882 in cui si lamenta perché il lavoro era stato compiuto dai priori senza alcun permesso del Vescovo e del Parroco. (8)

Gli ultimi lavori eseguiti sono degli anni 1885‑1886, come è ricordato nella iscrizione che tuttora campeggia, anche se stravolta in alcuni caratteri, sul frontale della facciata e che dice: "Funtada da Manca Pujoni Pau 1777 Caduta 5 aprile 1885 ‑ Rinnovata Agosto 1886". Eseguiti i lavori a spese del commerciante Giuseppe Dalu, il 21 febbraio 1886 Mons. Demartis concesse al R.re Angius di ribenedire la Chiesa. (9)

La Chiesa fu sempre aperta al culto: oltre la festa della Madonna nella seconda Domenica di ottobre (nel 1882 tenne il panegirico l'ex Rettore di Siniscola Can. Carboni) (10) e il Mese Mariano, di cui per disposizione testamentaria del V.le Giuseppe Calia (LD 31.08.1718) erano tenuti ad interessarsi i nipoti, intorno al 1777, e almeno fino al 1844, vi si celebrava una Messa ogni sabato. (11)

Tale Messa era stata fondata da certa Manca Pugioni.e, intorno al 1777, veniva celebrata dal Sac. Dottor Farrís. (12)

Nel 1980 si trovavano in questa Chiesa le seguenti statue: S. Cuore, S. Salvatore da Horta, B.V. delle Grazie (2), S. Antioco, S. Isidoro, S. Diego, Madonna della Neve, S. Lussorio, B.V. d'Itria, S. Priamo, S. Luigi. 13